Verschiedene archäologische Funde deuten darauf hin, dass das Gebiet der Gemeinde Hedingen seit dem 8. oder 7. Jahrhundert v. Chr. zeitweise bewohnt wurde. Spuren einer Ansiedlung aus der Römerzeit fanden sich auf dem Kreuzrain. Der Name "Hedingen" mit der Endung "-ingen" ist wahrscheinlich die älteste Ortsbezeichnung zwischen Albis und Reuss. Sie stammt vermutlich aus dem 6. Jahrhundert n. Chr. und beweist, dass hier seit damals Leute gelebt haben.
Die erste Kirche wurde im 10. oder 11. Jahrhundert gebaut, vermutlich am gleichen Ort wie die heutige, um 1510 errichtete. Bei der Kirche erhob sich im Mittelalter eine Burg. Ob das im 13. und 14. Jahrhundert lebende Rittergeschlecht "von Hedingen" etwas mit der Burg zu tun hatte, ist ungewiss. Vom 15. Jahrhundert an scheint sie zerfallen zu sein.
Die herrschaftlichen Rechte über Hedingen gehörten im Hochmittelalter zum Teil dem Kloster Pfäfers, zum anderen Teil verschiedenen Adelsfamilien, die ihrerseits vom 13. Jahrhundert an von den Habsburgern abhängig waren. Zwischen 1415 und 1503 brachte Zürich diese Rechte an sich. Das Wappen Hedingens, eine in Gold gestürzte, schwarze Eckspitze, stimmt mit dem Schild der damaligen Vogtei Hedingen überein.
Im ausgehenden Mittelalter lebten die Hedinger hauptsächlich vom Getreide- und Weinbau. Die starke Bevölkerungszunahme vom Ende des 15. bis zum beginnenden 19. Jahrhundert (um 1470 etwa 100 Einwohner, 1836 über 1000 Einwohner) hatte bald zur Folge, dass nicht mehr alle Einwohner von der Landwirtschaft leben konnten. Schon um 1787 waren mehr als die Hälfte als Heimarbeiterinnen und Heimarbeiter im Baumwollgewerbe tätig. Dazu kam eine kräftige Auswanderung nach Osteuropa und Übersee. So zog 1690 ein Viertel der damals rund 600 Hedinger miteinander nach Brandenburg.
Das 19. Jahrhundert brachte in der Umgebung die Umstellung von der Heim- zur Fabrikarbeit und die Ablösung der Baumwollverarbeitung durch die Seidenindustrie. Da es in Hedingen bis gegen Ende des 19. Jahrhunderts keine Seidenfabrik gab, sank die Einwohnerzahl langsam, aber stetig und erreichte um 1890 einen Tiefpunkt von rund 800 Personen. Bis zum Zweiten Weltkrieg stieg die Bevölkerung allmählich wieder auf etwas über 900 Einwohner. Im Gebäude der 1955 eingegangenen Seidenweberei ist heute ein Metallbaubetrieb tätig. Mit dem Gewerbe und anderen Industrieunternehmen bietet Hedingen zahlreiche Arbeitsplätze. Die Landwirtschaftsbetriebe sind bis auf rund zwei Dutzend zurückgegangen.